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为了系统的高效运行，一般而言，我们只随系统启动基本程序，而那些不是每次开机都使用的应用程序，我们一般要禁止它们自动启动，当要使用时再手工启动。下面我们谈谈在Windows 98中如何管理自启动程序。首先我们来看看自启动程序的加载方式
1.通过系统配置文件和自动批处理文件加载
CONFIG.SYS(系统配置文件)和AUTOEXEC.BAT(自动批处理文件)是系统启动时最先运行的两个文件，也是我们认识得最早的两个文件。如果你是从DOS时代过来的人，对这两个文件不可能不熟悉！用任何文字编辑软件(比如记事本)就可以打开这两个文件进行编辑。不过，在目前的图形化中，通过这两个文件加载自启动程序的已经不多见了。
2.通过初始化文件加载
Windows在的安装目录下有两个重要的初始化文件：Win.ini和System.ini。在Windows启动过程中，可以通过这两个文件加载自启动程序，在Win.ini文件[windows]字段中有两个启动命令：“load=”和“run=”。一般情况下它们的后面没有内容，如果你用文本编辑器(比如记事本)打开后看到了比如“run=c:\windows\xxx.exe” 或者 “load=c:\windows\xxx.exe”，这里的xxx.exe就是自启动程序了。在System.ini的[boot]字段下有“Shell=Explorer.exe”，有些恶意程序或木马程序就是通过修改此处加载的，比如修改成“shell=Explorer.exe xxx.exe(xxx是具体运行程序的主文件名，文件名还可以是其他类型的可执行文件)。
3.通过“启动”菜单或“Startup”菜单
最直接也最简单的一种加载自启动程序的方法，就是将应用程序的快捷方式添加到“开始→程序→启动”(或许还有“Startup”)中，当系统启动时，“启动”组中的程序就会自动启动。
另外，Winstar.bat也是一个能被Windows 9X系统自动运行的文件，它可以人为创建。如果你要查找自启动程序，请不要勿略了该文件是否存在以及它的具体内容。
4.通过系统注册表加载
利用注册表加载自启动程序是目前应用程序最常采用的方法。一般说来，在注册表中加载应用程序的最常见的两个分支是：HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run和HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run。
应用程序在安装时，通过修改注册表的上述两个分支的内容，即可让程序自动启动。目前的防火墙程序、实时病毒监控程序等均是采用该方法加载的。